موزه ملی افغانستان که در سال 1297 بنام عجایب خانه در باغ بالا ایجاد شده بود ، در اوایل بعضی از آثار کهنه حربی، پرچم‌های جهاد ، صنایع دستی، نسخه‌های خطی قران کریم و تفاسیر و بعضی از کتب نادر در آن جمع اوری شده بود.
اما 6 سال بعد این آثار از باغ بالا به ارگ منتقل شد و تعدادی آثار دیگر نیز به آن اضافه شد.
1303 طی مراسمی وزیر معارف وقت «فیض محمد خان» و وزیر امور خارجه «علامه محمود طرزی» در مورد ارزش موزه و فواید حفاظت آثار تاریخی بیانیه‌هائی ارایه کردند و بزرگان وقت اشیای قیمتی را به موزه تحفه دادند.
در تنش‌های داخلی سال 1363 تعدادی از مجسمه‌های موزه ملی به امر امیر حبیب الله کلکانی از بین برده شد، تعدادی از آثار تاریخی چپاول و تعدادی از آن در موزه باقی ماند.
بعد از نجات کشور، باقی مانده آثار تاریخی برای بازسازی به دارالامان کابل منتقل شد و در کنار آن موزه به شکل امروزی ساخته شد و آثار آن به دوره‌های مختلف تقسیم و برای سکه‌ها، مجسمه‌ها و سنگ نوشته‌ها اتاق‌های جداگانه فراهم و بنام موزه کابل نامگذاری شد.
در سال 1336 موزه با یونسکو قرارداد امضا کرد و با استاندارهای جهانی ثبت شد. همچنین بعضی آثار تاریخی موزه به شکل جهانی ثبت شد.
در سال 1353 موزه توسعه بیشتری کرد و توجه خاصی به آن معطوف شد. بعد از ایجاد موزه در مناطق مختلف کشور حفاری فنی آغاز شد و آثار مختلف به موزه کابل جمع‌آوری شد.
همچنین در بعضی از ولایات موزه‌های منقول و غیر منقول ایجاد شد مانند: موزه منقول و غیر منقول تپه سردار ولایت غزنی، موزه قندهار ، موزه هرات، موزه میمنه ، موزه بلخ، موزه غیر منقول بامیان، موزه غیر منقول ننگرهار و دیگر موزه‌های کوچک دیگر.
زیان رسانی موزه ملی کابل زمانی آغاز شد که شوروی‌ها تصمیم به کشتن حفیظ الله امین را گرفته برای وی محل کشتن تعیین کردند.
به امین گفته شد که موزه را از دارالامان به کاخ ریاست جمهوری انتقال دهد و خودش از کاخ به دارالامان برود ، تعدادی زیاد از آثار نفیس و قیمتی به شکل اضطراری شکسته و تعدادی دیگری آن چپاول شد.
در دوران حکومت نجیب موزه دوباره به مکان اصلی خود یعنی دارالمان انتقال یافت ولی بعد از سقوط دولت وی در دوران جنگ‌های داخلی قاچاقچیان خارجی موزه ملی کابل را چپاول کردند.
همچنین تعداد زیادی از مجسمه‌هایی که باقی مانده بود در دوران طالبان از بین برده شد.
بعد از سقوط طالبان تعدادی آثار تاریخی قاچاق شده دوباره به کشور بازگردانده شد و بعضی آثار دیگر همچنان در کشورهای خارجی باقی مانده که وزارت اطلاعات و فرهنگ برای بازگرداندن مجدد آنها از راه‌های دیپلماتیک تلاش می‌کند.
بسیاری از آثار جامانده از ادوار مختلف ما را به گذشته های متمدن وصل می سازد. در ادوار مختلف افغانستان اکثرا درگیر جنگ های داخلی بوده و از آثار باستانی آن حفاظت صورت نگرفته که هیچ؛ بلکه مورد تخریب و قاچاق قرار گرفته است.
در سایر کشور های متمدن در هر شهر و هر گوشه شهر موزه دارد و از آثارباستانی بشکل درست حفاظت می شود. در واقع هم مردم جامعه و هم حکومت ها برای حفط آثار باستانی تلاش می کند. اما در افغانستان متاسفانه اکثر از آثار تاریخی توسط خود مردم به غارت برده شده است.
آثار باستانی دارایی های مادی و معنوی یک جامعه و مردم است.
